A genetikai fogékonyság azt jelenti, hogy azok az emberek, akik bizonyos géneket örököltek, nagyobb hajlamot mutatnak a betegség iránt. Emiatt figyelhető meg, hogy egyes családokban nagyobb gyakorisággal, halmozottan fordul elő a Crohn és a colitis. Az immunológiai és mikrobiális elemek együttesen vesznek részt a betegség létrejöttében. Normálisan a szervezetünk védelmi rendszere, az immunrendszer, azon dolgozik, hogy a különböző káros elemeket, pl. baktériumokat, vírusokat, idegen anyagokat eltávolítsa a szervezetből. Ez a folyamat a gyulladás, melynek során a véráramból az immunrendszer sejtjei (limfociták, makrofágok,...) kilépnek a szövetekbe, és különböző anyagokat, enzimeket fognak termelni azért, hogy a kórokozókat elpusztítsák. Ezek az anyagok azonban a szervezet saját sejtjeit is tönkre teszik. Ennél fogva, ha a gyulladásos folyamatok tartósan fennállnak, a szövetek kiterjedt pusztulásával kell számolnunk.

Pontosan ez történik a gyulladásos bélbetegségek esetén is. A belekben normálisan is jelen lévő baktériumokra és a táplálékkal elfogyasztott idegen anyagokra a bélfalban lévő immunsejtek valamilyen ismeretlen ok miatt túl hevesen reagálnak, így a bél nyálkahártyáját, vagy akár az egész bélfalat is károsíthatják. Ezen kívül környezeti faktorok szerepe is feltételezhető az IBD kialakulásában és lefolyásában. A stressz, idegesség a betegség súlyosbodását, tünetek kialakulását válthatja ki. Érdekes módon a dohányzással kapcsolatos megfigyelések azt mutatják, hogy míg a cigaretta a Crohn-betegségnél a kórkép rosszabodásához vezet, colitis ulcerosaban a tünetek enyhülését okozhatja.